tutoriaux_calculco/Comsol/launch_comsol1.oar

#!/bin/bash

# sur orval 
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# exemple de script oar de lancement de batch COMSOL
# {PATH_COMSOL}/applications/COMSOL_Multiphysics/Equation_Based/heart_electrical.mph
# description du problème:
# {PATH_COMSOL}doc/help/wtpwebapps/ROOT/doc/com.comsol.help.models.mph.heart_electrical/models.mph.heart_electrical.pdf

# Usage: oarsub -S ./launch_comsol1.oar
#
# Note: les directives OAR commencent par #OAR pour les mettre en commentaires
# il faut utiliser un double #
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# Les directives OAR
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# donner un nom au job
#OAR -n comsol_ex1

# les ressources

#OAR -l /nodes=1/core=28,walltime=00:20

# la file de soumission default
##OAR -q default

# ou bien : mode besteffort 
#OAR -t besteffort

# restart automatique
##OAR -t idempotent


# chargement du module comsol
#-----------------------------------------------------------
source /nfs/opt/env/env.sh
module load comsol

# notification par mail ou script
##OAR --notify mail:prenom.nom@univ-littoral.fr
##OAR --notify exec:/chemin/vers/mon/script arguments

# affiner (éventuellement) la sélection des noeuds de calculs
# -par exemple avec les noeuds acheter dans le cadre d'un projet/BQR- ;-)
##OAR -p network_address = 'orvalX' or network_address = 'orvalY' or ...
##OAR -p nodemodel = 'Dell_R820' and disktype = 'sas'
## ... cf https://www-calculco.univ-littoral.fr/outils_visu/monika

#OAR -O ex1-comsol-%jobid%.out
#OAR -E ex1-comsol-%jobid%.err

# IMPORTANT réserver le jeton : à mettre en place 
##OAR -t token:comsol=1

INPUT=heart_electrical.mph
OUTPUT=heart_electrical-out.mph


if [ -s "$OUTPUT.recovery" ]
then
    echo "le fichier recovery existe: on relance à partir du checkpoint"
    comsol batch -inputfile $INPUT -outputfile $OUTPUT -recover -continue -np 28
else
    echo "premier lancement du projet $INPUT"
    comsol batch -inputfile $INPUT -outputfile $OUTPUT -np 28
fi

#remarque 1 (checkpoint):
#----------
# la ligne de commande la plus simple aurait pu être:

# comsol batch -inputfile $INPUT -outputfile $OUTPUT 

# Ici, la structure de contrôle if then else est mis en place tout simplement
# pour profiter du fait que COMSOL intègre nativement un système d'avancement
# des runs et donc  un sytème de «checkpoint à pas cher!» : il suffit de tester
# l'existence d'un fichier $OUTPUT.recovery non vide, pour comprendre que le
# job a été arrêté (volontairement ou walltime trop court ou ...ou ? )
# => il suffit de relancer le script OAR pour relancer le run au stade où il en était.


# remarque 2
#----------
# option -np (facultative) : dans cet exemple on fixe
# le nombre à 16 pour être cohérent avec les ressources demandées (core=16),
# c'est a priori optimal en terme de perf (1 core = 1 thread) 
# c'est inutile si on prend un noeud complet (comsol prend automatiquement tous les coeurs)

exit $?