tutoriaux_calculco/Matlab/tuto-www/matlab_ex5_scratch_launch.oar

#!/bin/bash

# sur orval 
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# matlab_ex5_launch.oar - exemple de batch permettant de lancer le script Matlab
# pi_checkpoint_ex5.m sur un noeud / 1 coeurs pour en mode besteffort idempotent
# Utilisation d'un répertoire de travail en local dans l'espace Scratch 
#
# pi_checkpoint_ex5.m:
#    - Calcul de l'approximation de pi par la méthode de Leibniz
#    - le programme simule un job long  avec des instructions "pause" inutiles
#  afin d'illustrer une solution de checkpoint et de reprise manuelle(*) si le
#  job long a été tué, cf.:
# https://www-calculco.univ-littoral.fr/utilisation/lancer-un-calcul#r_beseffort
#
# Note: le script pi_checkpoint_ex5.m peut-être tester avec Matlab en mode
# interactif:  il suffit de le stopper avec CTRL+C (et le relancer une 2ième fois)
#
# manuelle(*) cf. idempotent
#
# Usage: oarsub -S ./ matlab_ex5_launch.oar
#
# Note: les directives OAR commencent par #OAR pour les mettre en commentaires
# il faut utiliser un double #
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# chargement du module matlab (mise à jour du PATH) 
#
# (ajout avril 2017: mise en place de lmod et easybuild sur
# la plateforme)
# http://lmod.readthedocs.io/en/latest/010_user.html
# http://easybuild.readthedocs.io/en/latest/Introduction.html
#-----------------------------------------------------------
source /nfs/opt/env/env.sh
module load matlab


#-----------------------------------------------------------
# Les directives OAR
#-----------------------------------------------------------
# donner un nom au job
#OAR -n pi_checkpoint_ex5

# les ressources

#OAR -l /nodes=1/core=1,walltime=24:00:00

# la file de soumission
#OAR -q besteffort

## À faire.  
##OAR -t idempotent

# notification par mail ou script
#OAR --notify mail:marion@lmpa.univ-littoral.fr
##OAR --notify exec:/chemin/vers/mon/script arguments

# affiner la selection des ressources avec les propriétés
# voir sortie de la commande oarnodes sur le frontal pour les connaître
# syntax à la SQL
## ex:novembre 2016: matlab était installé que sur orval 4 et 5
##OAR -p network_address = 'orval05' or network_address = 'orval04'
##OAR -p nodemodel = 'Dell_R820' and disktype = 'sas'

# redirection des sorties standard stdout et stderr
# par défaut redirection vers OAR.%jobid%.stdout et OAR.%jobid%.stderr
# dans le répertoire courant
# A mettre dans scratch sous votre arborescence
#OAR -O /scratch/lmpa/pmarion/%jobid%.out
#OAR -E /scratch/lmpa/pmarion/%jobid%.err

# IMPORTANT (ajout déc.2016):
# inclure dans les ressources demandées un jeton Matlab de sorte
# que le script sera lancé que s'il y a bien un jeton de libre
#OAR -t token:matlab=1

# mode besteffort et restart automatique
##OAR -t besteffort
##OAR -t idempotent

PROG=pi_checkpoint_ex5.m

GROUP=$(id -gn $OAR_USER)
#-----------------------------------------------------------
# Création du répertoire temporaire local dans scratch
#-----------------------------------------------------------
SCRATCHDIR=/scratch/$GROUP/$OAR_USER/$OAR_JOB_NAME.$OAR_JOBID
[ ! -d $SCRATCHDIR ] && mkdir $SCRATCHDIR 

#-----------------------------------------------------------
# Recopie du programme et des données en local
#-----------------------------------------------------------
cd $SCRATCHDIR
# programme
cp $OAR_WORKDIR/$PROG .

# recopie des données depuis les espaces Data et/ou Home
# cp /nfs/home/labo/user/chemin/vers/mes/donnees .
# cp /nfs/data/labo/user/chemin/vers/mes/autres/donnees .
# ici il n'y en a pas sauf si un premier run avorté a eu lieu,
# recopie du checkpoint "check.mat" :

if [ -e  $OAR_WORKDIR/check.mat ] ; then
   cp $OAR_WORKDIR/check.mat .
fi

#-----------------------------------------------------------
# Execution du programme depuis l'espace scratch
# 
# NB: options de Matlab en mode batch:  -nodesktop -nodisplay -nosplash
#-----------------------------------------------------------
#

matlab -nodesktop -nodisplay -nosplash < $PROG > matlab.out

mv $OAR_STDOUT .
mv $OAR_STDERR .

#-----------------------------------------------------------
# suppression du programme et des données utilisées en entrée
# avant transfert
#-----------------------------------------------------------
 rm ./$PROG
#rm mes_donnees_copiees_de home
#rm mes_donnees_copiees_de_data

#-----------------------------------------------------------
# transfert des résultats vers Home ou Data
# ici vers le répertoire Home du programme
#-----------------------------------------------------------
cd ..
cp -pR $SCRATCHDIR $OAR_WORKDIR
rm -rf $SCRATCHDIR