matlab_ex4_launch.oar 4.3 KB

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  1. #!/bin/bash
  2. # sur orval
  3. ################################################################################
  4. # matlab_ex4_launch.oar - exemple de batch permettant de lancer le script Matlab
  5. # spmd_ex4_int_trapeze.m sur un noeud / 16 coeurs pour 20 minutes max
  6. # Utilisation d'un répertoire de travail en local dans l'espace Scratch
  7. #
  8. # spmd_ex4_int_trapeze.m:
  9. # - "Simple Program Multiple Data" (SPMD ~ mpi "sauce Matlab")
  10. # - le programme calcul une approximation de pi par intégration
  11. # - chaque processus (ici 16 "Labs") calcule son aire local par la méthode
  12. # des trapèzes
  13. #
  14. # Usage: oarsub -S ./ matlab_ex4_launch.oar
  15. #
  16. # Note: les directives OAR commencent par #OAR pour les mettre en commentaires
  17. # il faut utiliser un double #
  18. ################################################################################
  19. #-----------------------------------------------------------
  20. # chargement du module matlab (mise à jour du PATH)
  21. #
  22. # (ajout avril 2017: mise en place de lmod et easybuild sur
  23. # la plateforme)
  24. # http://lmod.readthedocs.io/en/latest/010_user.html
  25. # http://easybuild.readthedocs.io/en/latest/Introduction.html
  26. #-----------------------------------------------------------
  27. source /nfs/opt/env/env.sh >/dev/null 2>&1
  28. module load matlab
  29. #-----------------------------------------------------------
  30. # Les directives OAR
  31. #-----------------------------------------------------------
  32. # donner un nom au job
  33. #OAR -n spmd_ex4
  34. # les ressources
  35. #OAR -l /nodes=1/core=16,walltime=00:20
  36. # la file de soumission
  37. #OAR -q default
  38. # Facultatif (cf commentaire du programme parfor_ex2.m)
  39. # mais si actif, doit correspondre au nb de coeurs réservés
  40. # (ligne #OAR ci-dessus -l .../core=XX,...)
  41. export number_Threads=16
  42. # notification par mail ou script
  43. #OAR --notify mail:marion@lmpa.univ-littoral.fr
  44. ##OAR --notify exec:/chemin/vers/mon/script arguments
  45. # affiner la selection des ressources avec les propriétés
  46. # voir sortie de la commande oarnodes sur le frontal pour les connaître
  47. # syntax à la SQL
  48. ## ex:novembre 2016: matlab était installé que sur orval 4 et 5
  49. ##OAR -p network_address = 'orval05' or network_address = 'orval04'
  50. ##OAR -p nodemodel = 'Dell_R820' and disktype = 'sas'
  51. # redirection des sorties standard stdout et stderr
  52. # par défaut redirection vers OAR.%jobid%.stdout et OAR.%jobid%.stderr
  53. # dans le répertoire courant
  54. # A mettre dans scratch sous votre arborescence
  55. #OAR -O smpd_ex4.%jobid%.out
  56. #OAR -E smpd_ex4.%jobid%.err
  57. # IMPORTANT (ajout déc.2016):
  58. # inclure dans les ressources demandées un jeton Matlab de sorte
  59. # que le script sera lancé que s'il y a bien un jeton de libre
  60. #OAR -t token:matlab=1
  61. # mode besteffort et restart automatique
  62. ##OAR -t besteffort
  63. ##OAR -t idempotent
  64. PROG=spmd_ex4_int_trapeze
  65. GROUP=$(id -gn $OAR_USER)
  66. #-----------------------------------------------------------
  67. # Création du répertoire temporaire local dans scratch
  68. #-----------------------------------------------------------
  69. SCRATCHDIR=/scratch/$GROUP/$OAR_USER/$OAR_JOB_NAME.$OAR_JOBID
  70. [ ! -d $SCRATCHDIR ] && mkdir $SCRATCHDIR
  71. #-----------------------------------------------------------
  72. # Recopie du programme et des données en local
  73. #-----------------------------------------------------------
  74. cd $SCRATCHDIR
  75. # programme
  76. cp $OAR_WORKDIR/$PROG.m .
  77. # recopie des données depuis les espaces Data et/ou Home
  78. # ici il n'y en a pas
  79. # cp /nfs/home/labo/user/chemin/vers/mes/donnees .
  80. # cp /nfs/data/labo/user/chemin/vers/mes/autres/donnees .
  81. #-----------------------------------------------------------
  82. # Execution du programme depuis l'espace scratch
  83. #
  84. # NB: options de Matlab en mode batch: -nodesktop -nodisplay -nosplash
  85. #-----------------------------------------------------------
  86. #
  87. matlab -nodesktop -nodisplay -nosplash -batch $PROG
  88. mv $OAR_WORKDIR/$OAR_STDOUT .
  89. mv $OAR_WORKDIR/$OAR_STDERR .
  90. #-----------------------------------------------------------
  91. # suppression du programme et des données utilisées en entrée
  92. # avant transfert
  93. #-----------------------------------------------------------
  94. rm ./$PROG.m
  95. #rm mes_donnees_copiees_de home
  96. #rm mes_donnees_copiees_de_data
  97. #-----------------------------------------------------------
  98. # transfert des résultats vers Home ou Data
  99. # ici vers le répertoire Home du programme
  100. #-----------------------------------------------------------
  101. cd ..
  102. cp -pR $SCRATCHDIR $OAR_WORKDIR
  103. rm -rf $SCRATCHDIR